Urodził się w rodzinie szlacheckiej, był bardzo zdolny, więc uczęszczał do renomowanych szkół. Jednak kiedy wybuchło kolejne powstanie przeciwko zaborcy, rzucił szkołę i ruszył do walki. Ludzie, którzy brali udział w powstaniu listopadowym, często byli poddawani represjom, dlatego po upadku powstania Ernest wraz z częścią rodziny musiał uciekać do Paryża. W Paryżu Malinowski i jego brat odebrali bardzo staranne wykształcenie. Niedługo później otrzymali pracę we francuskim Korpusie Inżynierów Dróg i Mostów. Na początku zostali wysłani do Algierii, która niedawno została podbita przez Francję. Skierowanie do budowania dróg we francuskiej kolonii w Afryce Ernest odebrał jako brak zaufania do politycznego emigranta. Gdy po kilku miesiącach udało mu się wrócić do Francji, został zatrudniony przy budowie kanałów – to właśnie wtedy nabrał solidnego doświadczenia.