Michał Boym pochodził z bardzo szanowanej rodziny, jego dziadek prawdopodobnie pełnił funkcję sekretarza króla Stefana Batorego, a jego ojciec nadwornego lekarza Zygmunta III Wazy. Gdy Michał miał 14 lat, bardzo poważnie zachorował i wówczas obiecał Bogu, że jeśli wyzdrowieje, wstąpi do zakonu. Wyzdrowiał i wstąpił do zakonu jezuitów. Ukończył studia teologiczne i filozoficzne, a po wyświęceniu udało mu się uzyskać pozwolenie papieża na wyjazd na misje do Chin. Nie było to takie proste. Młody ksiądz musiał długo ubiegać się o zgodę, której odmawiano mu dziewięciokrotnie. Swoim uporem przekonał jednak przełożonych i w 1641 roku wyruszył w podróż.